В 1946 году решением Исполкома Краснопресненского района г. Москвы (протокол №34 п. 9 от 01.08.1946) был отведен земельный участок для создания Ботанического сада лекарственных растений Московского Фармацевтического института.

Проект сада разрабатывался Борисом Матвеевичем Гринером в сотрудничестве с известным московским ботаником Владимиром Николаевичем Ворошиловым.

Первые посадки растений проводились весной 1947г. силами преподавателей и студентов. В течение 1947-1949г.г. на территории сада было высажено более 100 видов древесных и кустарниковых растений. Пополнение коллекции сада проводилось за счет обмена с другими ботаническими садами и в результате экспедиций на Кавказ, Украину, Урал, Дальний Восток, в Карелию, Сибирь, Среднюю Азию, из которых привозили посадочный материал и семена.

В 50-60-х годах XX века в ботаническом саду проводили эксперименты выдающиеся генетики-селекционеры академик АН БССР Антон Романович Жебрак и доцент кафедры ботаники Владимир Владимирович Сахаров, изучавшие полиплоидные формы лекарственных растений – далматской ромашки, гречихи, лиственницы и др.

Опыты по химическому мутагенезу лекарственных и пищевых растений начались в саду весной 1951г. Эта научная тематика стала основной и для студентов-кружковцев кафедры ботаники, где был организован кружок по генетике.

Распоряжением Правительства СССР Фармацевтический институт в 1958 году был преобразован в фармацевтический факультет 1-го Московского медицинского института имени И.М. Сеченова.

Распоряжением Исполкома Моссовета от 30.08.1970г. №1773 арендуемая территория земельного участка Ботанического сада была закреплена за 1-м Московским медицинским институтом в постоянное пользование.

В 1990г. Постановлением Совета Министров СССР 1-й ММИ имени И.М. Сеченова преобразован в Московскую медицинскую академию имени И.М. Сеченова Минздрава СССР.

На основании распоряжения правительства г. Москвы от 20.04.1995 № 521 руководителем Академии был оформлен Государственный акт на право собственности на землю пожизненно наследуемого владения, бессрочного (постоянного) пользования землей от 12.02.1996 года № М-01-004311.

Постановлением Правительства Москвы от 13.07.2004 №485 – ПП п. 13, Ботанический сад отнесен к объекту садово-паркового искусства с режимом №2, №3, закона г. Москвы от 26.09.2001г. №48 “Об Особо Охраняемых Природных Территориях в г. Москве”. Ботанический сад Московской медицинской академии имени И.М. Сеченова является особо охраняемой природной территорией.

В 2005-2007 гг. из экспедиций по горам Кузнецкого Алатау, Западного Саяна и Тувы сотрудником кафедры ботаники А.Н. Луферовым было привезено и высажено в ботаническом саду 73 вида растений. Большинство из них еще никогда не были объектами интродукции.

В 2011-2013 гг. существенно расширили ассортимент интродуцированных растений агрономы сада: О.А. Каращук привезла интересные виды причерноморской флоры: колючник Биберштейна, катран коктебельский, бобовник анагиролистный; Ю.В. Михайлова стала куратором фармакопейного участка; Ю.Б. Рогачев – участка систематики растений.

В 2013г. при участии Н.Г. Замятиной, О.А. Каращук, Ю.В. Михайловой и Ю.Б. Рогачева проводилось изучение способов вертикального озеленения интерьера лекарственными, пищевыми и декоративными растениями.