Первая кафедра оперативной хирургии была создана в Петербургской медико-хирургической академии в 1865 г. Н.И. Пироговым.
Современником Н.И. Пирогова был Ф.И. Иноземцев (1802—1869) — первый директор факультетской хирургической клиники Московского университета. Именно в период работы Ф.И. Иноземцева на кафедре практической хирургии был выделен самостоятельный курс оперативной хирургии с топографической анатомией. Согласно Уставу Российских университетов, принятому в 1863 г.. Московский университет счел необходимым организовать кафедру оперативной хирургии с хирургической (топографической) анатомией и десмургией.
Кафедра оперативной хирургии и топографической анатомии медицинского факультета Московского университета была создана в 1868 г. Первым заведующим этой кафедрой стал Александр Петрович Расцветов (1825—1902). А.П. Расцветов принимал активное участие в открытии памятника Н.И. Пирогову (в августе 1897 г.) напротив клиники факультетской хирургии, руководимой в то время Александром Алексеевичем Бобровым.
В 1876 г. кафедрой стал заведовать талантливый хирург и педагог Н.В. Воронцовский. Написанное им «Руководство по оперативной хирургии» (1876) отражало уровень развития мировой и российской хирургии в 70-х годах XIX в. и содержало описание ряда оригинальных операций, в частности пластического ушивания расщепления неба.
В 1885 г. заведующим кафедрой был избран Александр Алексеевич Бобров (1850—1904) — выдающийся топографоанатом и хирург, активный последователь Н.И. Пирогова. А.А. Бобровым была составлена новая программа преподавания оперативной хирургии и топографической анатомии. Впервые топографическая анатомия была представлена в виде цельного курса. Благодаря его усилиям в 1891 г. кафедра получила помещение в новом корпусе на Девичьем поле вместе с кафедрами патологической анатомии и судебной медицины. На кафедре был создан музей, оборудованы учебные помещения.
А.А. Бобров оставил глубокий след в отечественной и мировой хирургии как топографоанатом, экспериментатор и клиницист. Он одним из первых произвел костно-пластическую трепанацию черепа, экспериментально обосновал и ввел в клиническую практику новый метод борьбы с шоком, разработал технику наложения глухого шва при эхинококкэктомии паренхиматозных органов, видоизменил и анатомо-физиологически обосновал метод грыжесечения паховых грыж. А.А. Бобров — автор «Курса оперативной хирургии и топографической анатомии» (1886) и «Руководства по хирургической анатомии» (1892). Замечательный хирург-практик, А.А. Бобров много внимания уделял оперативной хирургии и топографической анатомии и настойчиво пропагандировал тезис: «Путь в хирургическую клинику должен быть через анатомический театр, а хирург-клиницист, не прошедший анатомической школы, не может быть на высоте своего призвания».
В 1893 г. А.А. Бобров стал заведовать факультетской хирургической клиникой Московского университета вместо перешедшего в Петербургский Еленинский институт усовершенствования врачей Николая Васильевича Склифосовского. На посту заведующего кафедрой остался его ученик и последователь Петр Иванович Дьяконов (1855— 1908).
П.И. Дьяконов создал большую школу топографоанатомов и хирургов, в которую вошли такие известные ученые, как Ф.А. Рейн, Н.К. Лысенков, Н.И. Напалков, А.П. Губарев и др. В это время музей кафедры был пополнен большим количеством топографоанатомических препаратов. Во многом это было сделано благодаря разработанному Н.К. Лысенковым оригинальному способу сохранения анатомических препаратов в парах консервирующих веществ, в результате чего сохранялись цвет и консистенция тканей. Различные методы приготовления топографоанатомических препаратов были описаны в «Кратком руководстве к приготовлению препаратов по топографической анатомии» (1895). Эти методы используют и в настоящее время. Под редакцией П.И. Дьяконова написан также «Курс лекций по топографической анатомии и оперативной хирургии» в 2 томах. В это же время на кафедре было создано экспериментальное отделение, в котором проводились практические занятия со студентами.
А.А. Бобров и П.И. Дьяконов оказали огромное влияние на развитие оперативной хирургии и топографической анатомии, в которых они пропагандировали клиническое направление, связывали оперативные приемы с физиологическими и патологическими процессами.
П.И. Дьяконов основал журнал «Хирургия», в чем ему помог А.П. Чехов, с которым П.И. Дьяконов был дружен. В последующем А.П. Чехову направляли каждый новый номер журнала.
С 1902 г. кафедру возглавлял ученик П.И. Дьяконова Федор Александрович Рейн, продолживший работу по оснащению кафедры. В 1911 г. он вместе с группой профессоров подал в отставку в знак протеста против произвола царского министра просвещения Л.А. Кассо.
С 1911 по 1915 г. кафедрой заведовал профессор Венгловский, а с 1915 по 1917 г. — профессор А.В. Старков, известный своими фундаментальными трудами по топографии фасций таза, прямой кишки и др.
После революции Ф.А. Рейн вернулся на кафедру, которой руководил до 1919 г. Им была проведена большая работа по восстановлению кафедры и организации учебного процесса.
После избрания Ф.А. Рейна деканом II Московского медицинского института в 1919 г. заведующим кафедрой оперативной хирургии и топографической анатомии был избран Петр Александрович Герцен (1871—1947), внук демократа и революционера, ученого и писателя А.И. Герцена. П.А. Герцен переработал программу по оперативной хирургии, в основу которой было положено физиологическое обоснование применяемых хирургических методов лечения. П.А. Герцен стал основоположником российской онкологии, его именем назван Московский научно-исследовательский институт онкологии.
В 1923 г. в связи с избранием П.А. Герцена заведующим кафедрой общей хирургии кафедру оперативной хирургии и топографической анатомии возглавил профессор Николай Нилович Бурденко (1876—1946). При кафедре было восстановлено экспериментальное отделение, в котором проводились не только научная работа, но и занятия со студентами, были приобретены современные наборы хирургических инструментов и аппаратура, рентгеновский аппарат. В 1927 г. Н.Н. Бурденко перешел на кафедру факультетской хирургии, которой он заведовал до конца жизни. Наряду с этим он основал и стал первым директором Института нейрохирургии, который носит его имя. В годы Великой Отечественной войны Н.Н. Бурденко, являясь главным хирургом Советской Армии, активно участвовал в организации Академии медицинских наук СССР и был ее первым президентом.
На посту заведующего кафедрой оперативной хирургии и топографической анатомии Н.Н. Бурденко в 1927 г. сменил Павел Николаевич Обросов (1880—1938), один из организаторов советского здравоохранения и высшей медицинской школы, крупный хирург, ученый, педагог и общественный деятель. Одновременно он был первым директором Научно-исследовательского института скорой помощи им. Н.В. Склифосовского. В период работы на кафедре П.Н. Обросовым были созданы фундаментальные труды по хирургии: «Хирургия плечевого пояса» (1930), «Хирургические заболевания мочеполовой системы» (1936). Под его руководством написан учебник «Частная хирургия» в 3 томах.
С 1938 по 1947 г. кафедрой руководил один из учеников П.Н. Обросова — профессор Исаак Соломонович Жоров (1903—1976), впоследствии перешедший заведовать кафедрой факультетской хирургии 2-го лечебного факультета. В эти годы коллектив кафедры занимался изучением вопросов коллатерального кровообращения и разработкой методов неингаляционного наркоза.
В 1947 г. заведующим кафедрой был избран ученик П.Н. Обросова и Н.Н. Бурденко профессор Владимир Васильевич Кованов (1909—1994) — участник Великой Отечественной войны, заслуженный деятель науки РСФСР, академик РАМН, лауреат Государственной премии СССР.
При всем многообразии научных интересов В.В. Кованова довольно скоро определились два основных направления научных исследований, проводившихся на кафедре: хирургическая анатомия артерий и экспериментальная разработка проблем сердечно-сосудистой хирургии и изучение «мягкого остова» тела — фасций и клетчаточных пространств. Опыт военно-полевой хирургии в борьбе с кровотечениями при ранениях магистральных сосудов, накопленный в период Великой Отечественной войны, лег в основу анатомо-экспериментальных исследований коллатерального кровообращения при перевязке артерий (Т.И. Аникина, М.П. Вилянский и др.). Одновременно подробно изучается хирургическая анатомия артерий (А.А. Травин, Т. Б. Богуславская, П.А. Романов и др.). Результаты проведенных исследований обобщены в монографии В. В. Кованова и Т.И. Аникиной «Хирургическая анатомия артерий человека» (1974).
Параллельно с этими исследованиями проводилось топографоанатомическое и экспериментальное обоснование операций на сердце и сосудах. М.И. Перельманом и Н.Б. Добровой описан оригинальный доступ к артериальному протоку (1949), В.П. Демиховым в эксперименте изучены различные модели пересадки сердца (1950—1953). Г.М. Соловьев (1955) разработал оригинальную модификацию манжеточного сосудистого шва, В.И. Шумаков (1959) в эксперименте — методику хирургической коррекции недостаточности митрального клапана. На кафедре шла экспериментальная отработка техники наложения механического шва на сосуды (Н.П. Петрова). И в дальнейшем на протяжении многих лет под руководством В.В. Кованова проводились экспериментальные исследования по разработке шва сосудов малого калибра, техники шунтирования артерий, применению различных материалов для пластики сосудов (Б.А. Константинов, И.А. Сычеников, А.3. Трошин, А.В. Николаев и др.).
Исследования по изучению вопросов аутогенной оксигенации при искусственном кровообращении и экспериментальному обоснованию операций на сердце осуществляли сотрудники кафедры Э.Г. Фальковский, Л.А. Тушмалова, И.Д. Андреев, Л.А. Бокерия.
Не менее важным для хирургии явилось продолжение и углубление учения Н.И. Пирогова и И.П. Матюшенкова о хирургической анатомии фасций и клетчаточных пространств. В. В. Ковановым, его учениками и сотрудниками создано цельное представление о мягком остове человеческого тела, изучен морфогенез составляющих его компонентов, предложены практические рекомендации для специалистов по гнойной хирургии. Широко известны имена фасциологов, работавших под руководством В.В. Кованова: это Т.И. Аникина, А.П. Сорокин, И.Д. Кирпатовский, Н.Н. Арямкина, Л.Б. Симонова, М.А. Шаферман и др.
В монографии «Хирургическая анатомия фасций и клетчаточных пространств человека» В.В. Кованова и Т.И. Аникиной (1961, 1967), отмеченной в 1972 г. премией АМН СССР им. В.Н. Шевкуненко, многочисленные рисунки и фотографии препаратов демонстрируют топографию фасций и клетчаточных пространств, промежутков и щелей, а также связи между собой клетчатки соседних областей, что имеет большое значение для клинической практики.
В течение многих лет на кафедре разрабатывалось еще одно важное направление в прикладной анатомии — учение о внешних и внутренних ориентирах проекционной анатомии. Итогом явилось создание двухтомного руководства В.В. Кованова и А.А. Травина «Хирургическая анатомия конечностей человека», изданного в 1963—1965 гг. и переизданного в 1983 г. Подобное руководство действительно уникально. Сотни великолепно выполненных цветных рисунков с оригинальных препаратов дают полное представление о топографии всех областей конечностей. Превосходно изданное руководство, отмеченное многими почетными дипломами в нашей стране и за рубежом, — настольная книга топографоанатомов и хирургов, особенно работающих в области травматологии и ортопедии.
Очень плодотворной оказалась разработка еще одной проблемы, начатая под руководством Б. В. Кованова, — проблемы создания и применения материалов медицинского назначения на основе биополимера коллагена. Разработка ее была начата в 1962 г. сотрудниками кафедры (А.М. Хилькин, А.Ф. Дронов и др.), а позже, в 1969 г., при кафедре была создана лаборатория по изучению и применению коллагена в медицине под научным руководством ученика В. В. Кованова — профессора И.А. Сыченикова. Результатом многолетних исследований стало новое направление в пластической хирургии — коллагенопластика. По этой проблеме написаны три монографии: «Коллаген и его применение в медицине» (1971), «Коллагенопластика в медицине» (1976), «Шов и пластика артерий»(1980). Приоритет научных разработок защищен более чем 30 авторскими свидетельствами на изобретения и патентами. Во всем этом заслуга учеников В.В. Кованова — И.А. Сыченикова. А.В. Николаева, Р.К. Абоянца, Л.П. Истранова, А.Б. Шехтера, Т.Г. Руденко, Л.А. Беловой, А.М. Шестакова, В.А. Арутюновой, С.В. Панкратовой и др.
Заметным явлением в хирургии стали работы учеников В.В. Кованова по висцероптозу, разработке новых доступов к органам средостения и микрохирургических методик, защите головного мозга от ишемии (П.А. Романов, С.С. Дыдыкин, В.И. Тельпухов и др.).
На кафедре был разработан и всесторонне изучен способ консервации костной ткани в слабом растворе формальдегида (В.Д. Розвадовский). Консервированные таким образом костные трансплантаты были использованы в различных клиниках для выполнения более 8 тыс. операций.
Школа В.В. Кованова — это не только научные исследования, монографии, диссертации и статьи его учеников. Это и несколько «поколений» методических разработок для студентов и преподавателей, и написанное им вместе с Ю.М. Бомашем «Практическое руководство по топографической анатомии» (1960, 1966), и «Практическое руководство по оперативной хирургии для студентов-субординаторов» (1971), и курс лекций, опубликованный в 1972 г. И, наконец, результат многолетней работы коллектива кафедры под руководством В.В. Кованова — учебник по оперативной хирургии и топографической анатомии (1978, 1985, 1995, 2001). Этот учебник, в котором нашли отражение все достижения топографоанатомической школы В. В. Кованова, иллюстрированный прекрасными цветными рисунками, стал лучшим учебником по данному предмету. Им пользуются студенты и преподаватели не только в России, но и во всех бывших республиках Советского Союза. В 1987 г. В.В. Кованову и его соавторам за этот учебник присуждена Государственная премия.
Школа В. В. Кованова — это и виднейшие представители современной хирургии, руководящие крупнейшими клиническими центрами России, академики РАМН Л.А. Бокерия, Б.А. Константинов, М.И. Перельман, Г.М. Соловьев, В.И. Шумаков. Многие из учеников В.В. Кованова в разное время возглавляли или возглавляют соответствующие кафедры в разных вузах страны (И.Д. Кирпатовский, А.П. Сорокин, А.Г. Коневский, И.П. Протасевич, Т.Ф. Лаврова, И.А. Сычеников, П.А. Романов, Э.Д. Смирнова и др.).
С 1988 по 2013 г. заведующим кафедрой оперативной хирургии и топографической анатомии Первого МГМУ им. И.М. Сеченова являлся ученик В.В. Кованова профессор А.В. Николаев.
С 2013 года по настоящее время кафедрой оперативной хирургии и топографической анатомии Первого МГМУ им. И.М. Сеченова заведует доктор медицинских наук, профессор Дыдыкин Сергей Сергеевич