Возглавляя коллектив кафедры, П. В. Кононец обеспечил ее тесную взаимосвязь со всеми клинико-диагностическими подразделениями ФГБУ "НМИЦ онкологии им. Н. Н. Блохина" Минздрава России, преемственность образовательной деятельности с клинической работой, возможность выполнения перспективных научных исследований молодыми учеными. Под его руководством организована широкая образовательная программа последипломного образования в клинической и фундаментальной онкологии.