Впервые изучение и преподавание студентам методов физической реабилитации в 1-ом Московском медицинском институте (1-й ММИ) начато в 1931 году на кафедре физического воспитания, созданной сразу после реорганизации медицинского факультета МГУ в самостоятельное высшее медицинское учебное заведение. Первым заведующим кафедрой с 1931 по 1934 гг был профессор, д.м.н. Смирнов. Влияние физических упражнений на течение различных соматических заболеваний и результаты их лечения в то время изучали многие отечественные клиницисты: Древинг Е.Ф., Лепорский А.А., Мошков В.Н., Саркизов-Серазини И.М. и др.
В 1935 году решением Президиума ВЦСПС при вузах стали создаваться спортивные клубы. Создаётся спортивный клуб и в 1-ом ММИ. С этого момента расширяется спортивно-массовая работа в вузе: внутри- и межвузовские спартакиады по многим видам спорта, участие в соревнованиях районного, городского и республиканского значения. Необходимой частью этого процесса становится организация медицинского обеспечения занятий сортом и соревнований, зарождается спортивная медицина. В период с 1935 по 1947 гг. кафедрой последовательно руководили Кошкин В., Бычков А.А., Ивановский П.М., Серкин Л.Г. В штате кафедры было 12 преподавателей.
Во время Великой Отечественной войны сотрудники кафедры защищали Родину на полях сражений, участвовали в организации системы медицинской реабилитации в тылу, вели реабилитационную работу в госпиталях. После окончания Великой Отечественной войны спортивно-массовая работа в стране получила новый импульс.
В 1948 году кафедру возглавил доцент, к.м.н. Сергей Андреевич Карпов, кафедра получает новое название – кафедра физического воспитания и врачебного контроля, расширяются исследования физического развития и состояния здоровья студентов, занимающихся физкультурой и спортом в секциях. В штате кафедры было 9 преподавателей. Помимо занятий, обязательных для всех студентов 1 и 2 курсов, в 13 спортивных секциях занималось более 50 человек, а членами спортивного клуба 1 МОЛМИ им И. М. Сеченова являлись около 100 студентов. Помимо соревнований между потоками по комплексной спартакиаде на первенство потоков, проводились соревнования и внутри потоков между группами, т. к. резко возросло количество занимающихся спортом. Студенты и сотрудники института соревновались на первенствах района, города, вузов, Министерства здравоохранения и Советского Союза, а также в международных соревнованиях, занимая призовые места.
С 1956 по 1968 кафедрой физического воспитания и врачебного контроля руководит доцент, к.м.н. Леонид Иосифович Левандовский. С 1963 года на кафедре активно разрабатываются вопросы реабилитации больных с помощью лечебной физкультуры и название кафедры дополняется: кафедра физического воспитания, лечебной физкультуры и врачебного контроля. В эти годы спортивная работа в институте еще более улучшилась. Появились спортсмены международного класса.
В 1958 г. 1-й МОЛМИ объединился с Фармацевтическим институтом. Этот процесс коснулся и кафедры физического воспитания. К коллективу кафедры присоединились еще 7 преподавателей.
В 1968 году кафедра была разделена на 2 самостоятельные кафедры – кафедру физического воспитания (зав. – доцент, к.п.н. Тарасенко М.Н.) и кафедру лечебной физкультуры и врачебного контроля 1-го МОЛМИ им. И.М. Сеченова, которую возглавила к.м.н. Силуянова (девичья фамилия Душечкина) Валентина Александровна. В 1970 году В.А. Силуянова защитила докторскую диссертацию на тему «Лечебная гимнастика при заболеваниях легких в до- и постоперационный период» по руководством академика АМН СССР Б.В. Петровского, а в 1972 году ей было присвоено звание профессора. Силуянова В.А. являлась главным специалистом по лечебной физкультуре и спортивной медицине Министерства здравоохранения СССР (1968-1989), член Высшей аттестационной комиссии СССР (1989-1993), мастер спорта СССР по волейболу, чемпионкой СССР (1947, 1951), серебряным (1949, 1952) и бронзовым призёром (1948, 1950) Чемпионата СССР по волейболу, участница Всемирных студенческих игр в Берлине (1951). Созданная ею кафедра была первой в стране подобного профиля. Становлению и активному развитию кафедры способствовал молодой, энергичный коллектив. Ассистентами в то время работали Сокова Э.В., Таламбум Е.А., Куприянова Т.П., которые много сделали для совершенствования преподавания дисциплины. Увеличилось количество часов на преподавание предмета студентам с 12 до 24-х в неделю, появились клинические ординаторы, аспиранты. Расширился профессорско-преподавательский состав: ассистенты Епифанов В.А., Котуков Р.А., Правиков И.В., Иванов И.В., Кавторова Н.Е., Макарова И.Н. – многие годы передавали свой бесценный опыт студентам и молодым врачам. Кафедра вела большую работу по повышению квалификации преподавателей, проводились циклы повышения квалификации заведующих аналогичными кафедрами со всего СССР, существовали первичные и повторные доцентские и ассистентские курсы. Проводились учебно-методические конференции всесоюзного уровня, активизировалась научная работа.
Московская Олимпиада 1980 года послужила мощным толчком в развитии материально-технической базы кафедры: создание базы кафедры в спорткомплексе «Лужники», которая впоследствии была утеряна и восстановлена только в 2009 году, организация при участии кафедры лаборатории спортивной медицины под руководством профессора, д.м.н. Кукеса В.Г. Отделением спортивной функциональной диагностики руководил к.м.н. Зисельман С.Б. Работа на современном оборудовании, слаженный и напряженный труд всего коллектива кафедры позволил сделать новые шаги в области спортивной медицины, реабилитации, фармакологии. Наряду с учебной работой на кафедре проводилась большая научная работа. Силуянова В.А. уделяла большое внимание воспитанию молодого поколения ученых, под ее руководством были защищены 2 докторские, более 20 кандидатских диссертаций, опубликовано большое количество научных работ и ряд учебно-методических пособий для студентов. Под редакцией проф. В.А. Силуяновой выпущены учебно-методических пособия для студентов «Учебное пособие по лечебной физкультуре в акушерстве и гинекологии» (1977) и «Учебное пособие по лечебной физкультуре в терапии» (1978).
С 1989 кафедрой заведует профессор, д.м.н. Александр Геннадьевич Рудаков, защитивший в 1990 г. докторскую диссертацию на тему «Особенности фармакодинамики и фармакокинетики лекарственных средств при физических нагрузках». Возглавляя кафедру, Рудаков А.Г., одновременно, являлся директором Института экспертизы лекарственных средств. Работа кафедры в переходный для всего государства период, из-за сложностей социально-экономического характера, теряет свои ведущие позиции в стране, научная работа приостанавливается, однако несмотря на все трудности удалось сохранить основной кадровый состав кафедры. В 1997 году кафедру объединяют с кафедрой физического воспитания и здоровья под руководством проф. Рудакова А.Г., а новое название кафедры – кафедра лечебной физкультуры и физического воспитания. В 1990 г. ВУЗ переименован в Московскую медицинскую академию (ММА) им. И.М. Сеченова.
С июля 1999 по май 2009 гг. кафедрой заведует профессор, д.м.н., мастер спорта по волейболу Валентина Васильевна Пономарева, которая до этого с 1992 г. заведовала кафедрой физической культуры и здоровья ММА им. И.М. Сеченова. С 1980 г. Пономарёва В.В. была членом Научно-методического совета Минвуза СССР и учёным секретарём Центральной учебно-методической комиссии Минздрава СССР по физической культуре. С 1995 по 2004 г. она являлась членом Международной комиссии Международного студенческого спортивного союза. В этот период совершенствуется преподавание предмета студентам. Организуются элективные курсы по массажу, кинезиологии, реабилитации.
В этот период одним из новых направлений научной работы кафедры становится медицинское обеспечение фитнеса, которое активно стала разрабатывать доцент Руненко С.Д.
В 2001 году проведен спортивный праздник, посвященный 70-летию образования кафедры физического воспитания, который отрыл проректор по учебной работе профессор Чебышев Н. В.
В 2003 году кафедра была вновь разделена на кафедру физической культуры под руководством Беспаловой Л.М. и кафедру лечебной физкультуры и врачебного контроля во главе с проф. Пономаревой В.В. Кафедра получила новое помещение в клинике профессиональных болезней им. Е.М. Тареева. Несмотря на разделение, обе кафедры продолжают работать в плотном контакте: сотрудниками обоих кафедр проводятся совместные врачебно-педагогические наблюдения во время учебных занятий по физкультуре, медицинское обеспечение спортивных соревнований. Клинической базой кафедры становится врачебно-физкультурный диспансер №11 г. Москвы, Федеральный центр спортивной медицины. Кафедрой ЛФК и врачебного контроля совместно организованы и проведены три Всероссийских научно-практических конференции с публикацией сборников тезисов. Сотрудники кафедры многократно выступали с докладами в стране и за рубежом.
С 1 января 2010 года кафедра переименована в кафедру лечебной физкультуры и спортивной медицины, которую возглавил доктор медицинских наук, профессор Евгений Евгеньевич Ачкасов. Расширился преподавательский состав. В программе студентов 6 курса лечебного факультета дополнительно к дисциплине «ЛФК и врачебный контроль» появилась новая дисциплина «Спортивная медицина».
С 2014 года кафедра переименована в кафедру спортивной медицины и медицинской реабилитации после объединения с кафедрой клинической реабилитологи (зав. – академик РАН Лядов К.В.). В 2019 году кафедра объединена с кафедрой интегративной медицины (зав. – академик РАН Зилов В.Г.).
В 2017 году кафедра получила новую клиническую базу, ставшей основной – Центр медицинской реабилитации УКБ№2 Сеченовского Университета, оснащённый самым современным реабилитационным оборудованием, имеющий амбулаторно-диагностическое и стационарное реабилитационное отделения.
На кафедре спортивной медицине и медицинской реабилитации под руководством проф. Ачкасова Е.Е. активно развиваются новые научные направления в области медицинской реабилитации, спортивной медицины, мануальной медицине. Созданы новые клинические базы, обновлена учебно-методическая база, подготовлены новые учебники и учебные пособия, осуществляется подготовка в ординатуре по всем реабилитационным специальностям, работает диссертационный совет, издается журнал «Спортивная медицина: наука и практика» (перечень ВАК, база Scopus), кафедра является организатором всероссийских научных симпозиумов.
В 2025 году клиническими базами кафедры стали санаторий «Звенигород» Сеченовского Университета и Сеченовский центр материнства и детства, что позволило расширить сферу научно-исследовательской деятельности по направлению санаторно-курортного лечения и медицинской реабилитации детей.
Заведующий кафедрой Ачкасов Евгений Евгеньевич – профессор, доктор медицинских наук, лауреат премии Правительства РФ в области науки и техники (2023), лауреат премии Президента РФ в области науки и инноваций для молодых учёных (2008), директор клиники медицинской реабилитации Сеченовского Университета, член Наблюдательного совета РАА РУСАДА, главный редактор журнала «Спортивная медицина: наука и практика», награждён нагрудным знаком «Отличник здравоохранения» (2014), почетной грамотой Минздравсоцразвития (2012), благодарностью Министра здравоохранения РФ (2024). Ачкасов Е.Е. – мастер спорта России по конькобежному спорту, чемпион Москвы, призер первенства России, победитель и призёр международных соревнований по конькобежному марафону.