Приказ о создании стоматологического факультета в стенах ММА им. И.М. Сеченова был подписан 27 апреля 2001 года. До создания стоматологического факультета стоматологию преподавали в виде курса на кафедре челюстно-лицевой хирургии, которая была основана в 1885 году на базе приват-доцентуры по одонтологии при кафедре факультетской хирургической клиники медицинского факультета Московского Университета. Инициатором ее создания стал профессор Н.В. Склифосовский. В разное время руководителями кафедры были великие врачи и ученые, профессора Н.Н. Знаменский, Г.И. Вильга, Л.А. Говсеев, И.Г. Лукомский, И.М. Старобинский, доцент Т.Н. Соколова. С 1962 по 2006г. кафедрой бессменно руководил д.м.н., профессор, академик РАМН Бажанов Николай Николаевич, который и выступил с инициативой создания в ММА стоматологического факультета. С 2006 по 2017 год кафедру возглавлял д.м.н., профессор Юрий Алексеевич Медведев. В настоящее время кафедру возглавляет член-корреспондент РАН, д.м.н., профессор Иванов Сергей Юрьевич.
Первым деканом стоматологического факультета стала д.м.н., профессор Н.С. Подчерняева. Первой профильной кафедрой, принявшей студентов в 2001 году стала кафедра терапевтической стоматологии (зав. кафедрой - д.м.н., профессор Макеева Ирина Михайловна, которая затем стала деканом стоматологического факультета). По мере развития факультета начинали работу профильные кафедры. Кафедра стоматологии детского возраста и ортодонтии под руководством д.м.н., профессора Адиля Аскеровича Мамедова основана в 2002 году.В настоящее время на кафедре, начиная со второго курса, студенты изучают четыре направления: «Детская терапевтическая стоматология», «Ортодонтия», «Детская хирургическая стоматология и челюстно-лицевая хирургия». Практические занятия студентов проходят на базе Университетской детской клинической больнице, а также на 9 клинических базах.
Кафедра хирургической стоматологии была основана в 2004 году на базе общего стоматологического отделения №2 Клинико-диагностического центра Первого МГМУ им. И.М. Сеченова. С 2004 по 2011 год кафедру возглавлял д.м.н., профессор Сысолятин Святослав Павлович. В настоящее время кафедру возглавляет д.м.н., профессор Тарасенко Светлана Викторовна. Для обеспечения проведения практических занятий на кафедре существует фантомный класс, в котором студенты младших курсов могут отрабатывать мануальные навыки. Студенты старших курсов имеют возможность вести клинический прием под контролем преподавателей.
Кафедра ортопедической стоматологии организована 12.11.2010 года на базе клинического диагностического центра Первого МГМУ им И.М. Сеченова, путем преобразования курса ортопедической стоматологии (зав. курсом – к.м.н., доцент А.В. Юмашев). В настоящее время кафедрой заведует к.м.н., профессор А.С. Утюж, а с 2010 по 2014 год кафедру возглавлял ныне покойный д.м.н., профессор Сергей Викторович Козлов. Кафедра проводит работу по обучению студентов 3, 4 и 5 курсов, интернов и клинических ординаторов. Основное направление научно-исследовательской деятельности, это совершенствование методов диагностики и ортопедического лечения пациентов с приобретенной патологией зубочелюстной системы на основе достижений медико-биологических исследований.
Кафедра пропедевтики стоматологических заболеваний основана в январе 2011 года. Заведующий кафедрой - д.м.н., профессор Севбитов Андрей Владимирович. В настоящее время кафедрарасполагается в здании Центральной научной медицинской библиотеки. На кафедре проходят обучение студенты 1 и 2 курсов стоматологического факультета, а также клинические ординаторы.
Кафедра профилактики и коммунальной стоматологии была основана в 2014г. Заведующий кафедрой д.м.н., профессор Олег Иванович Адмакин, был деканом стоматологического факультета до 2017 г., а в ностоящее время возглавил Образовательный департамент Института Стоматологии. В настоящее время на кафедре проходят занятия у студентов 2,3,4 и 5 курсов, а также производственная практика помощник врача стоматолога-гигиениста. Основной целью работы кафедры является подготовка специалистов стоматологов, обладающих набором компетенций, необходимых для решения задач профилактики основных стоматологических заболеваний.
В декабре 2017 года стоматологический факультет был преобразован с Институт Стоматологии. Возглавила Институт Стоматологии д.м.н., профессор Макеева Ирина Михайловна. В состав Института Стоматологии вошли Образовательный департамент (директор департамента – д.м.н., профессор О.И. Адмакин), Стоматологический Центр (главный врач – к.м.н. О.П. Эмирвелиева). Зам Директора Института по научной работе – к.м.н., доцент А.Ю. Туркина.