Центр магистерских программ был создан в 2013 году Решением Ученого Совета Университета. С первых дней создания Центром руководит профессор, доктор экономических наук Юлия Вячеславовна Федорова. Область научных интересов – вопросы подготовки специалистов в сфере экономики и управления для отрасли здравоохранения на разных ступенях в системе высшего образования, проблемы проектирования и реализации магистерских программ для здравоохранения.
Деятельность Центра Магистерских программ основывается на стратегическом плане развития Университета, направлена на реализацию поставленных задач по обеспечению многоуровневого образования, соответствующего международным стандартам качества.