Аннтотация

Мы изучили незначительные варианты в двух популяциях вируса клещевого энцефалита (TBEV) с общим предком: адаптированный к мозгу вариант EK-328c и адаптированный к клещу вариант M. Высокопроизводительное секвенирование с помощью пользовательских ампликонов из вирусной РНК ОТ-ПЦР был выполнен на химии Illumina MiSeq 2 * 250 парный конец v2. Используя программу LowFreq (настройки по умолчанию) и последовательный консенсус Сангера в качестве эталона, были идентифицированы варианты с изобилием 1% и выше в исследуемых популяциях. Используя полученные данные в контексте наших предыдущих исследований, мы пришли к выводу, что варианты TBEV, которые отличаются от основного популяционного фенотипа и могут стать основной частью вирусной популяции при благоприятных условиях окружающей среды, могут существовать в количестве менее 1% в долгосрочной перспективе.