Агентством RAEX опубликован девятый выпуск глобального рейтинга «Три миссии университета». В 2025 году в него вошли 2000 университетов из 112 стран мира. Сеченовский Университет занял 14-ю строчку из 156 участников из России. Первый МГМУ также стал лидером среди 33 российских медицинских университетов, представленных в мировом рейтинге. Таким образом, Сеченовский Университет удерживает первое место в данной категории пятый год подряд.

Московский международный рейтинг «Три миссии университета» — академический рейтинг, который впервые оценивает все три ключевые миссии университета: образование, науку и взаимодействие с обществом. Формирование рейтинга инициировано Российским Союзом ректоров в соответствии с поручением Президента России В. В. Путина. Оператор рейтинга — Ассоциация составителей рейтингов, рэнкингов и иных оценок эффективности (АСР), членами которой являются ведущие рейтинговые и исследовательские центры. Для составления рейтинга используются только объективные критерии, опирающиеся на официальные данные (включая публичные отчеты университетов), а также на данные авторитетных международных провайдеров информации. Репутационные опросы полностью исключены.

Сегодня Сеченовский Университет — единственный российский университет в топ-200 мирового рейтинга QS по направлению «Медицина» и один из двух российских университетов в топ-150 по направлению «Фармация и фармакология». Занимает лидирующую позицию в предметном рейтинге QS World University Rankings 2025 по стоматологии. По результатам Глобального агрегированного рейтинга 2025 года входит в число 750 лучших университетов мира. Занимает лидирующие позиции Глобального агрегированного рейтинга среди медицинских университетов России по направлениям «Фундаментальная медицина», «Клиническая медицина», «Науки о здоровье», «Медицинские технологии». Входит в топ 1001-1200 в ежегодном рейтинге лучших университетов мира THE World University Rankings, занимая 74-ю позицию среди мировых медицинских университетов-участников рейтинга и первую — среди российских. В 2024 году Первый МГМУ вошел в топ-20 российских университетов в рейтинге RAEX («РАЭКС-Аналитика»), заняв 15-е место. Впервые вошел в топ-5 университетов России по научному авторитету, а также занял первое место в общем рейтинге влиятельности среди всех медуниверситетов страны. Занял первые места в предметных рейтингах RAEX в направлениях «Медицина» и «Фармация». Университет также сохранил за собой третью строчку рейтинга в направлении «Биотехнологии и биоинженерия» и входит в десятку лучших в направлении «Технологии материалов». Первый МГМУ также стал первым среди медицинских университетов в рейтинге университетов стран БРИКС.

Сеченовский Университет трансформируется в сетевой университет медицинских технологий. Его приоритетные задачи — укрепление позиций России в области биомедицинских технологий, подготовка кадров для инновационной экономики и повышение доступности высокотехнологичной медицинской помощи.