Кафедра эпидемиологии современных технологий вакцинации создана 1 сентября 1999 г. в результате реорганизации курса эпидемиологии при кафедре информатики и управления охраной здоровья населения медико-профилактического факультета последипломного профессионального образования.
Основатель и первый заведующий кафедрой академик РАМН, доктор медицинских наук, профессор, Заслуженный деятель науки РФ - Черкасский Бениямин Лазаревич (1934-2007).
Б.Л.Черкасский определил приоритеты в становлении и перспективном развитии коллектива. Во главу угла был поставлен принцип преемственности образовательных программ до- и последипломной подготовки, а также специфика дополнительного профессионального образования, состоящая в преподавании основ противоэпидемической практики. Именно эта идея была реализована в первом поколении профессионального образовательного стандарта по специальности «Эпидемиология», разработанном на кафедре в 2001 году.
Залог успеха в области образовательной деятельности виделся и в правильном подборе и расстановке кадров. На кафедре трудились высококвалифицированные специалисты, ученые и педагоги, знающие практику не понаслышке и являющиеся экспертами в преподаваемых ими вопросах. Первым завучем была назначена Елена Геннадиевна Симонова, внесшая значительный вклад в развитие кафедры. В период с 2001 по 2006 гг. ею были разработаны основы и внедрены в педагогическую практику технологии активного обучения, одними из которых стали научно-практические работы и конференции, являющиеся в настоящее время обязательной составляющей профессиональной подготовки. Кафедра стала также и «пионером» в области дистанционного образования специалистов. Огромные аудитории врачей и средних медицинских работников (эпидемиологов, инфекционистов, терапевтов, хирургов, педиатров и др.) были охвачены телемедицинскими циклами. С учетом потребностей практики ежегодно расширялся перечень реализуемых образовательных программ, в т. ч. краткосрочного обучения вопросам эпидемиологии и профилактики бешенства, внутрибольничных инфекций, иммунопрофилактики и т.д. Основу качественного обучения составили многочисленные труды академика Б. Л. Черкасского и его учеников.
С 2007 по 2021 год заведующим кафедрой являлся профессор Николай Николаевич Филатов, поддержавший курс кафедры на дальнейшее сближение с практикой. Сегодня в качестве одного из главных достижений коллектива можно по праву назвать создание и внедрение технологии профессиональной подготовки эпидемиологов, основанной на компетентностном подходе.
С 2021 года заведующим кафедрой является профессор Костинов Михаил Петрович.
Кафедра функционирует на базе Института вакцин и сывороток им. И. И. Мечникова.
С 1999 года на циклах повышения квалификации, в т.ч. на выездных и дистанционных, подготовлено более 6500 специалистов практически со всех территорий Российской Федерации, а также из-за рубежа.