Кафедра экологии человека и гигиены окружающей среды организована в 1996 г. на базе кафедр коммунальной гигиены (основана в 1932 году) и гигиены питания (основана в 1931 году). Заведующим кафедрой был избран профессор Королев Анатолий Александрович, который руководил кафедрой до 2005 года.

В 2002 году в связи с реорганизацией кафедры гигиены труда с курсом гигиены детей и подростков в состав кафедры экологии человека и гигиены окружающей среды были включены дисциплины гигиена труда (преподается с 1926 года) и гигиена детей и подростков (преподается с 1926 года).

C 2005 года и по настоящее время кафедрой экологии человека и гигиены окружающей среды руководит Онищенко Геннадий Григорьевич, академик РАН, доктор медицинских наук, профессор, Главный государственный санитарный врач Российской Федерации, Первый заместитель председателя комитета ГД по образованию и науке. 

На кафедре ведется преподавание 4 базовых профессиональных дисциплин для студентов, обучающихся по специальности 32.05.01 "медико-профилактическое дело": Коммунальной гигиены, Гигиены питания, Гигиены детей и подростков, Гигиены труда для студентов 5 и 6 курсов, блока дисциплин по выбору Прикладная гигиена для студентов 6 курса, а также учебных и производственных практик (в том числе НИР студентов).

В настоящее время на кафедре также ведется преподавание дисциплины экология человека для студентов, обучающихся по специальности "Клиническая психология"  (1 курс), дисциплины экология для студентов, обучающихся по специальности "Биоинженерия и биоинформатика" (3 курс) и дисциплины  охрана труда и промышленная санитария для студентов, обучающихся по специальности "Биотехнология" (4 курс).