Сотрудники кафедры клинической иммунологии и аллергологии проводят большой объем лечебно-консультативной работы на основных клинических базах: ФГБУЗ Клиническая больница №85  Федерального медико-биологического агентства. Городской клинической больнице им. С.С. Юдина Департамента здравоохранения г. Москвы и 

Осуществляется диагностика и лечение бронхиальной астмы, поллиноза, круглогодичных ринитов и конъюнктивитов, атопического дерматита, крапивницы, пищевой аллергии, первичных и вторичных иммунодефицитов.

Важным разделом работы кафедры является проведение специфической аллергологической диагностики с четкой верификацией причиннозначимого аллергена. Для этого проводятся кожные и скарификационные тесты с аллергенами (пыльцевыми, бытовыми, эпидермальными, пищевыми, грибковыми, бактериальными), прик-тесты, бронхоконстрикторные и бронходилятационные тесты. Оценивается функция внешнего дыхания.

Осуществляется специфическая иммунотерапия аллергических заболеваний и лечение иммунодефицитных состояний.

Доценты и профессора кафедры 3 раза в неделю проводят обходы больных в терапевтических  отделениях больниц совместно с клиническими ординаторами и студентами, консультируют больных, направленных районными и окружными аллергологами и Департаментом здравоохранения г. Москвы.

Ассистенты кафедры осуществляют консультативный прием и ведут больных в стационаре вместе с клиническими ординаторами и студентами.