Международное сотрудничество является одним из важнейших направлений деятельности Сеченовского университета, способствующих решению основных задач: подготовка высококвалифицированных специалистов, оказание высококвалифицированной медицинской помощи и разработка приоритетных направлений медицинской науки. Особое внимание уделяется взаимодействию с ведущими зарубежными университетами, одним из которых, в частности, является партнерство с Венским университетом, референтным вузом Сеченовского университета в программе «5-100». Межуниверситетское сотрудничество началось в 2017 году с подписанного в ходе официального визита делегации Первого МГМУ в Австрию совместного соглашения. Венский медицинский университет является старейшей медицинской школой в немецкоязычном мире, располагающей 30 клиниками и клиническими институтами, 12 медицинскими центрами. Университет является самым крупным медицинским вузом Европы.

В рамках международного сотрудничества были запущены межвузовские проекты с Венским медицинским университетом:

В Сеченовском университете создана совместная лаборатория иммунопатологии, успешно реализующая проект по разработке вакцины против аллергии на кошек. Уже в начале следующего года могут появиться первые опытные образцы вакцины. Сотрудники лаборатории проходят обучение современным лабораторным методикам в Венском медицинском университете.

В апреле 2019 года в Сеченовском университете прошла Российско-австрийская междисциплинарная школа по направлению «онкология». Преподаватели – ученые и врачи из обоих университетов провели 3-дневный курс по различным аспектам диагностики и терапии гепатоцеллюлярного рака.

Ведутся совместные перспективные исследования в области урологии: по эндоскопическому удалению опухоли мочевого пузыря и диагностике и лечению рака простаты.

На кафедре акушерства и гинекологии института здоровья детей Сеченовского университета работает профессор Джихан Ай (Cihan Ay), с которым выполняются научные исследования по проблемам беременность и венозные тромбозы, беременность и артериальные тромбозы, рак и тромбозы, тромбофилия и осложнения беременности.

В настоящий момент Сеченовский университет и Венский медицинский университет расширяют спектр направлений сотрудничества, это решение было принято по итогам встречи 26 июня в Сеченовском университете ректоров университетов - Петра Глыбочко и Маркуса Мюллера.

Петр Глыбочко в ходе переговоров отметил: «Исследователи Сеченовского университета относятся к глобальному исследовательскому ландшафту, наиболее цитируемые статьи публикуются в соавторстве с мировыми лидерами, заметным представителем которых, безусловно, является Венский медицинский университет. В рамках нашего партнерства мы планируем и дальше развивать сотрудничество в области сердечно-сосудистых заболеваний, медицинской визуализации и клинических исследований».